• 高御産霊神（タカミムスビノカミ）
• 神御産霊神（カミムスビノカミ）
• 伊邪那岐神（イザナギノカミ）
• 伊邪那美神（イザナミノカミ）
• 天照大御神（アマテラスオオミカミ）
• 月夜見神（ツキヨミノカミ）
• 彦穂々出見尊（ヒコホホデミノミコト）
• 豊玉毘賣命（トヨタマビメノミコト）
• 鵜草葺不合尊（ウガヤフキアエズノミコト）
• 玉依毘賣命（タマヨリビメノミコト）
• 神倭磐余毘古尊（カムヤマトイワレビコノミコト）
• 大山積神（オオヤマツミノカミ）
• 天石戸別神（アメノイワトワケノカミ）
• 宮比神（ミヤヒノカミ）
• 大伴連君和志雄兼親神（オオトモノムラジキミワシオカネチカノミコト）
• 和春刀自命（カヅハルノトジミコト）
• 愛男命（マナオノミコト）
• 愛児命（マナコノミコト）
• 彌春御母命（イヤハルノミハハノミコト）

神社明細帳によれば、西殿と東殿があり、西殿には高御産霊神以下十四座を祀り御産霊神社と号す。東殿には大伴連君和志雄兼親命以下五座を祀り、肝付神社と号す。

西殿御産霊神社の創建は不詳であるが、東殿肝付神社は、天文八年八月五日秋分に創建されたと伝える。天文二年四月肝付第十三代兵部少輔兼興が卒し、子の兼続が嗣いだが、叔父兵庫介兼親に謀反の兆しがあったため、兼続は兼親及び其の妻、二男子、兼親の母を誅した。肝付神社は、この五名の霊を崇め祀ったものである。永禄の頃、守護職肝付家より知行三町三反の寄付があり、流鏑馬もあって神事が重く執行された。永禄四年、後明治八年に社殿が再興されている。